La Corte concedió el amparo y concluyó que el juzgado trasladó indebidamente la carga de la prueba en perjuicio de las comunidades indígenas. Al respecto, destacó que los informes y dictámenes incorporados al expediente mostraban indicios de presencia de glifosato en diversos pozos y fuentes de agua de Hopelchén y que, conforme a los principios de precaución e in dubio pro natura, la falta de certeza científica absoluta no puede utilizarse como argumento para posponer medidas de protección cuando existen indicios de un posible riesgo ambiental. Tratándose de comunidades indígenas, la prueba debe valorarse, además, desde una perspectiva intercultural, considerando su situación de vulnerabilidad estructural y su derecho de acceso pleno a la jurisdicción del Estado. 

La Suprema Corte ordenó a diversas autoridades a atender el riesgo ambiental identificado, a saber: (i) la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales es requerida a promover un sistema de información y monitoreo de los cuerpos de agua de Hopelchén y desarrollar acciones para garantizar el acceso a agua suficiente y salubre; (ii) se ordena a la Comisión Nacional del Agua a realizar estudios sobre la presencia de glifosato, monitorear la calidad del agua y hacer públicos los resultados; (iii) la Comisión Federal de Protección contra Riesgos Sanitarios es requerida a ejercer acciones de regulación, control, vigilancia y fomento sanitario respecto de plaguicidas y fertilizantes de la zona; y finalmente, (iv) la Secretaría de Medio Ambiente del Estado de Campeche es convocada a coordinar políticas, programas y estrategias de protección ambiental relacionadas con glifosato, mientras que se establece al Ayuntamiento de Hopelchén la obligación de integrar su Comisión Permanente de Protección al Medio Ambiente e informar sobre la situación de las comunidades afectadas.