La Jurisdicción Ambiental la cual estará a cargo, en Primera Instancia, de Juzgados Ambientales y en Segunda Instancia, de una Cámara Ambiental; los cuales tendrán competencia exclusiva para conocer y resolver las acciones civiles de cualquier cuantía en las que se deduzca la responsabilidad civil derivada de actos que atenten contra el medio ambiente; y realizarán su función jurisdiccional sujetos a lo establecido en la Constitución de la República, Tratados y Convenciones Internacionales sobre la materia ratificados por El Salvador, legislación ambiental, Leyes afines y principios doctrinarios del derecho ambiental. 

Se crean tres juzgados ambientales (San Salvador, Santa Ana y San Miguel) y una Cámara Ambiental de Segunda Instancia con sede en San Salvador.

Corresponderá a la Sala de lo Civil de la Corte Suprema de Justicia conocer del recurso de casación; así como conocer en grado de apelación de los asuntos a que se refiere la Ley del Medio Ambiente, en los casos en que la Cámara Ambiental de Segunda Instancia conozca en Primera Instancia. Será la Corte Suprema de Justicia en Pleno, la que conocerá del recurso de casación en los casos que la Sala de lo Civil conozca del recurso de apelación.

La Corte Suprema de Justicia, en caso de contar con peritos, deberá proporcionar el apoyo requerido por los Juzgados y la Cámara. Cuando fuere necesario, los Jueces podrán solicitar peritos en esta materia a cualquier institución pública, quienes deberán prestar la colaboración.

La Corte Suprema de Justicia podrá disponer la utilización de sistemas electrónicos, ópticos, magnéticos, telemáticos, informáticos y de otras tecnologías para la realización de actos de comunicación de los Juzgados y Cámara Ambientales.