Dispone que el interés general se entiende como la prioridad de disposiciones constitucionales enfocadas en el reconocimiento y la protección de la diversidad étnica y cultural, además de la conservación y protección del ambiente. Este interés general se apoya en el principio de maximizar la autonomía de los pueblos indígenas en sus territorios.

Establece que las competencias ambientales en los territorios indígenas se integran con mecanismos de protección especiales, alineados con disposiciones del Acuerdo Final para la Terminación del Conflicto en Colombia. Estos incluyen principios como la libre determinación, la autonomía, el gobierno propio, la participación, y el consentimiento previo libre e informado, además del reconocimiento de derechos sobre tierras y territorios ancestrales. Se garantiza así la seguridad jurídica de sus territorios y la continuidad de sus prácticas tradicionales, en coherencia con el Decreto 1071 de 2015.

Se observa el principio a la participación, la consulta y el consentimiento previo libre e informado.

Se reconoce a las autoridades indígenas tradicionales y sus estructuras de gobierno como parte del Sistema Nacional Ambiental, otorgándoles competencias en ordenamiento ambiental, regulación, gestión y manejo de recursos naturales en sus territorios. Estas competencias se basan en sus sistemas de conocimiento y leyes propias, en concordancia con el Convenio 169 de la OIT y la Constitución. Además, se establece que las autoridades indígenas y ambientales del Estado deben coordinarse mediante mecanismos de colaboración que respeten la autonomía indígena para proteger los ecosistemas y territorios en conjunto.

Se otorga a las autoridades indígenas competencias ambientales complementarias para formular y gestionar planes de ordenamiento ambiental y proyectos de recuperación ecológica en sus territorios, respetando sus sistemas de conocimiento y la normativa nacional. También permite que establezcan reglamentos para la administración y protección de sus territorios.

Las autoridades indígenas pueden sancionar a miembros de la comunidad bajo su sistema de justicia y coordinar con las autoridades ambientales en caso de infractores externos, promoviendo acciones de restauración ambiental. Administrarán los recursos y presupuestos necesarios para ejercer estas competencias.

Se reconoce el pluralismo jurídico para que las autoridades indígenas ejerzan sus competencias ambientales.

Los órganos suscriptores podrán celebrar convenios de colaboración para implementar cursos o capacitaciones interinstitucionales para la sensibilización de funcionarios/as respecto del rol de las personas defensoras de derechos humanos y las obligaciones del Protocolo.